Sejarah mencatat bahwa penyebaran agama Islam pada masa dahulu itu dilakukan melalui misi perdagangan, perkawinan, hubungan diplomatik, pengembangan agama Islam ditempuh lewat jalur pendidikan di antaranya adalah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) yang merupakan salah satu Perguruan Tinggi Islam Negeri di Kawasan Timur Indonesia (KTI).
Masyarakat Maluku Utara yang mayoritas beragama Islam dirasakan kekurangan tenaga-tenaga Profesional di bidang pendidikan Agama Islam sekitar Tahun 1960-an. Kenyataan inilah yang mendorong tokoh-tokoh masyarakat setempat untuk merealisir berdirinya suatu Lembaga Pendidikan Tinggi Agama Islam.
Untuk memperlancar penegeriannya, disusunlah laporan lengkap tentang berdirinya Fakultas Tarbiyah IAIN Ternate untuk disampaikan kepada Menteri Agama. Selanjutnya diutus lagi bapak Baharuddin Lopa, SH. selaku Pjs. Dekan ke Jakarta untuk memperjuangkan aspirasi masyarakat Maluku Utara dimaksud.
Masalah dana yang selama ini menjadi hambatan utama, sedikit demi sedikit dapat diatasi. Dalam waktu 3 tahun setelah pergantian pemimpin Fakultas, lembaga ini telah memiliki kampus baru di atas lahan seluas kurang lebih Dua hektar, berlokasi di kelurahan Dufa-Dufa, bantuan Pemerintah Daerah Tingkat II Maluku Utara.
Pembangunan tersebut sejalan dengan pembangunan Fakultas di lingkungan Fakultas IAIN Alauddin yang diawali dengan peningkatan status, dari Fakultas Cabang menjadi Fakultas Madya sesuai Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 69/1982.